คณะผู้บริหารโรงเรียนกุญแจคริสเตียนวิทยา ประกอบด้วยผู้แทนผู้รับใบอนุญาต ผู้จัดการ ผู้อำนวยการ รองผู้อำนวยการฝ่ายวิชาการ และรองผู้อำนวยการฝ่ายกิจการนักเรียน

ผู้บริหารหลักของ โรงเรียนกุญแจคริสเตียนวิทยา ได้แก่

นางพรทิพย์ ปิยะสิริสิงห์ เป็นผู้แทนผู้รับใบอนุญาต

นางสาวกรณิการ์ ภูริจิตศิลป เป็นผู้จัดการ

นางรัชฎาภรณ์ ปุกมณี เป็นผู้อำนวยการ

นางสรินพร แสงทารัตน์ เป็นรองผู้อำนวยการฝ่ายวิชาการ

นางสาวสุภัทรา ศิริตรัย เป็นรองผู้อำนวยการฝ่ายกิจการนักเรียน

นางสาวพิมพา สากลเพชร เป็นอนุศาสก